Mithilfe der Kostenmatrix des InEK können die Kosten von Krankenhausbehandlungen ermittelt werden. Sie hilft dabei, die Kostenstruktur von Krankenhäusern zu analysieren und transparent darzustellen. Mithilfe der Matrix können verschiedene Kostenarten wie Personal-, Sach- und Infrastrukturkosten im Zusammenhang mit der Behandlung von Patienten erfasst werden. Die Matrix wird vor allem genutzt, um eine sachgerechte Abrechnung von Krankenhausleistungen zu ermöglichen und die Wirtschaftlichkeit der Klinik zu gewährleisten.